Tous les opérateurs de la chaîne alimentaire sont légalement tenus de disposer d’un système d’autocontrôle (SAC) permettant de surveiller la présence de contaminants. Un contaminant est une substance non ajoutée intentionnellement, mais présente à la suite de la production, de la transformation, de l’emballage, du transport, du stockage ou d'une contamination environnementale.

Diverses impuretés (résidus phytosanitaires, insectes, contaminants microbiologiques) peuvent influencer négativement la sécurité et la qualité des produits dès qu'elles dépassent certains seuils. Il est donc essentiel de maîtriser ces risques et de suivre la législation et les lignes directrices de l'AFSCA afin de garantir la sécurité et la qualité des produits.

Classification indicative des contaminants

Une classification indicative (non exhaustive) est la suivante (peut varier dans le temps et selon la source consultée)

1. Contaminants environnementaux

Il s’agit de substances qui se manifestent principalement dans l’environnement à la suite d’activités humaines (ex. dioxines, PFAS, métaux lourds).

• Métaux lourds (cadmium, plomb, arsenic, mercure) : présents dans les sols, ils peuvent s'accumuler dans les cultures. Des dépassements des teneurs autorisées peuvent survenir en cas de culture sur des terrains contaminés. Une ingestion élevée peut présenter des risques pour la santé.
• PCB (polychlorobiphényles) et dioxines : substances organiques toxiques et persistantes, difficiles à dégrader et qui s’accumulent dans l’environnement. On peut les retrouver dans les céréales en raison de la combustion de combustibles fossiles ou d’émissions industrielles. Très toxiques, les dioxines sont associées à divers problèmes de santé, dont des cancers et des atteintes au système immunitaire. Ces substances s’accumulent tout au long de la chaîne alimentaire.
• HAP (Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques) : issus de la combustion de produits pétroliers, ils peuvent être cancérigènes, perturber le système hormonal et affecter le système immunitaire.
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2. Contaminants agricoles

Il s’agit de substances naturellement présentes dans les plantes ou générées pendant la culture (par ex. par des moisissures). Ces contaminants atteignent donc la chaîne alimentaire via les produits végétaux. Les moisissures peuvent altérer les denrées et produire des mycotoxines nocives pour la santé. Ces moisissures peuvent aussi être classées parmi les contaminants microbiologiques. 

• Mycotoxines (ex. DON, ZEA, aflatoxines) : substances toxiques produites par des moisissures (ex. Fusarium) qui se développent dans certaines conditions de température et d’humidité, surtout sur les céréales. Elles peuvent persister dans les produits stockés, en particulier si les conditions de stockage sont inadéquates. Elles peuvent aussi continuer à se développer si l’humidité augmente. Une bonne ventilation ou un séchage adéquat des grains est donc crucial.
• Alcaloïdes de l'ergot : substances toxiques produites par Claviceps purpurea (ergot de seigle) pouvant causer des troubles graves tels que des hallucinations, des hémorragies ou des atteintes nerveuses.
• Graines de mauvaises herbes toxiques : certaines graines, très toxiques pour l’homme et les animaux, peuvent se retrouver dans les céréales (ex. graines d’Agrostemma githago (nielle), Lolium temulentum (ivraie enivrante), et Datura stramonium (stramoine).

3. Contaminants microbiologiques

Micro-organismes pathogènes pouvant nuire à la santé humaine ou animale (ex. bactéries, moisissures, virus). Un des micro-organismes les plus connus dans le secteur est Salmonella. Cette bactérie peut provoquer des infections gastro-intestinales tant chez l’homme que chez l’animal. Elle peut être présente dans les matières premières en raison notamment de contaminations par des nuisibles ou d’un mauvais entretien des moyens de transport ou de stockage.

4. Insectes et ravageurs

Ils peuvent détériorer les stocks de céréales en propageant des agents pathogènes et en diminuant la qualité des produits (ex. charançon du blé, teigne du riz). Ils se nourrissent des grains et peuvent les endommager, ce qui entraîne une baisse de la qualité alimentaire.

5. Résidus de produits phytopharmaceutiques

Utilisés pour protéger les produits primaires (transformés ou non) contre les insectes, champignons, bactéries et mauvaises herbes, pendant la culture, le stockage ou le transport. Leur usage peut parfois laisser des résidus sur les cultures, auxquels le consommateur final peut être exposé. Toutefois, grâce à la Limite Maximale de Résidus (LMR – quantité maximale de résidu autorisée dans un aliment ou aliment pour animaux), la sécurité des consommateurs et des animaux est garantie, notamment via le respect des Bonnes Pratiques Agricoles (BPA). Cette législation garantit que les résidus ne présentent pas de danger pour la santé, même si la LMR est dépassée (ce qui peut indiquer une mauvaise application, sans pour autant constituer un danger immédiat).